Created with make_mapped_netcdf.R. Input data are 4km-resolution level-3 binned remote sensing reflectances (Rrs) from NASA OBPG, subset to the region of interest and used in conjunction with the most recent set of regionally-tuned parameters to generate the level-3 binned product. The data is then mapped using a Plate Carrée projection and an area-weighted mean for pixels with multiple overlapping bins.
Paper detailing the methods to match satellite and in situ data and regionally train the coefficients.
Evaluation of Satellite-Based Algorithms to Retrieve Chlorophyll-a Concentration in the Canadian Atlantic and Pacific Oceans
Chlorophyll-a concentration (Chl-a) is used as a proxy for phytoplankton biomass to track blooms and monitor the state of the ecosystem. This dataset contains daily satellite Chl-a from July 2002 to Dec 2023. The data is at a 4.64-km^2 spatial resolution covering an area of the Northwest Atlantic from 39-82°N, 42-95°W. Chl-a was generated by applying the POLY4 algorithm (Clay et al., 2019, see resources) on level-3 binned remote sensing reflectance (Rrs) data retrieved by the Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer sensor (MODIS) onboard the Aqua satellite, freely downloaded courtesy of NASA's Ocean Biology Processing Group (OBPG, https://oceancolor.gsfc.nasa.gov/). Regionally-tuned coefficients for POLY4 were generated by matching level-2 MODIS-Aqua pixels (i.e. individual satellite passes) to in situ HPLC (High Performance Liquid Chromatography) Chl-a samples within the region of interest according to the procedure described in Clay et al. POLY4 Chl-a was then optimized by simultaneously forcing it to the 1:1 line against in situ Chl-a to reduce the negative bias observed in higher concentrations. The Chl-a data were then projected onto an Equidistant Cylindrical grid (4.64-km^2) using a nearest neighbour method. This model and the Northwest Atlantic coefficients are available in the R package oceancolouR (https://github.com/BIO-RSG/oceancolouR).
La concentration en chlorophylle-a (Chl-a) est utilisée comme indicateur de la biomasse du phytoplancton pour suivre les floraisons et surveiller l'état de l'écosystème. Cet ensemble de données contient les satellite les données quotidiennes de chl-a de juillet 2002 à décembre 2023. Les données ont une résolution spatiale de 4,64 km^2 couvrant une zone de l'Atlantique Nord-Ouest de 39 à 82° N et de 42 à 95° W. Le Chl-a a été générée en appliquant l'algorithme POLY4 (Clay et al., 2019, voir les ressources) sur des données de réflectance de télédétection (Rrs) de niveau 3 mesurées par le spectroradiomètre imageur à résolution modérée (MODIS) à bord du satellite Aqua et téléchargées gratuitement sous l’autorisation du groupe de la NASA Ocean Biology Processing Group (OBPG, https://oceancolor.gsfc.nasa.gov/). Des coefficients ajustés au niveau régional de l’algorithme POLY4 ont été générés en faisant correspondre des pixels MODIS-Aqua de niveau 2 (c'est-à-dire des passages individuels du satellites) à des échantillons de Chl-a mesurés par HPLC (High Performance Liquid Chromatography) in situ dans la région d'intérêt selon la procédure décrite dans Clay et al. L’algorithme POLY4 Chl-a a ensuite été optimisé en le forçant simultanément à suivre la ligne 1:1 par rapport à la Chl-a in situ afin de réduire le biais négatif observé à des concentrations plus élevées. Les données Chl-a ont ensuite été projetées sur une grille cylindrique équidistante (4,64 km^2) en utilisant la méthode du plus proche voisin. Ce modèle et les coefficients ajustés pour l'Atlantique Nord-Ouest sont disponibles dans le package R OceanColour (https://github.com/BIO-RSG/oceancolouR).
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chlorophylle-a
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oceancolour
phytoplanktonbiomassanddiversity
chlorophyll-a
teledetection
couleur-des-oceans
POLY4 Chlorophyll-A : données Modis-Aqua dans l'Atlantique Nord-Ouest, 2002-2023
POLY4 Chlorophyll-a MODIS-Aqua Data in the Northwest Atlantic, 2002-2023